En el golfo de Guayaquil se concentra la mayor actividad pesquera y acuícola del Ecuador; sin embargo, la carga de nutrientes provenientes de actividades antrópicas, afectaría la calidad del agua y diversidad de recursos pesqueros. Con el propósito de determinar el estado trófico de la zona costera y estuario interior, se recolectaron muestras de agua superficial, para medir temperatura, salinidad, oxígeno disuelto, nutrientes y microfitoplancton. Además, se establecieron relaciones entre las variables hidrográficas mediante un Análisis de Componentes Principales (ACP) y entre éstas con el microfitoplancton a través del Análisis de Redundancia (ADR). Las diferencias en estructura comunitaria se determinaron mediante el Escalamiento Multidimensional no Métrico (MDS) y Análisis deSimilaridad (ANOSIM), y el estado trófico empleando el índice Karydis. Se detectaron diferencias significativas entre la zona costera y estuario interior, registrando este último mayor temperatura y concentración de nutrientes, menor salinidad, transparencia, concentración de oxígeno disuelto y el nivel trófico más elevado. Se identificaron 178 especies de microfitoplancton, de las cuales 78% fueron diatomeas,18% dinoflagelados, 2% cianofitas y 2% silicoflagelados. Se detectaron diferencias significativas en equitatividad y diversidad, con menores registros en la zona estuarina. El ADR mostró una correlación positiva (0.54; p<0.05) entre Paralia sulcata, Thalassionema nitzschioides,Thalassionema frauendeldianum con los nutrientes y negativa con salinidad. En el estuario interno se correlacionaron positivamente (0.64; p<0.05) Nitzschia longissima, Chaetoceros decipiens y Skeletonema costatum con temperatura y en forma inversa con fosfato y nitrato.Se registraron diferencias en la estructura comunitaria entre zonas, predominando S. costatum, T. fraunfeldianum y T. nitzschioides en el estuario interior y N. longissima, Guinardia striata y Leptocylindrus danicus en la zona costera. Se determinó a toda la zona de estudiocomo mesotrófica, no obstante, en el estuario interior los valores del índice trófico fueron más elevados debido probablemente a que recibe de manera más directa los aportes provenientes de actividades antrópicas. Se recomienda efectuar estudios con muestreos a una distancia menor a 1.8 km de la costa, para conocer el estado trófico en un área más cercana a la costa y desarrollar planes de manejo para evitar amenazas de eutrofización.