Con el fin de contribuir al conocimiento del fitoplancton potencialmente toxígeno de la cuenca pacífica colombiana, se describe su distribución, frecuencia y abundancia en muestras tomadas en once cruceros, entre 2004 y 2011. Estos cruceros fueron realizados en el marco del Estudio Regional del Fenómeno de El Niño en el Pacífico Sudeste (ERFEN), programa multinacional de la Comisión Permanente del Pacífico Sur (CPPS). En los resultados se destacan por su amplia distribución, permanencia y abundancia los géneros Pseudo-nitzschia, Dinophysis, Gonyaulax y Alexandrium, los cuales han sido registrados como causantes de intoxicaciones amnésicas (Pseudo-nitzschia), diarreicas (Dinophysis y Gonyaulax) y paralizantes (Alexandrium). A pesar de que algunos de ellos fueron abundantes en el plancton, durante los muestreos no fueron evidentes cambios en la coloración del agua, ni se tuvo registros de que hubieran causado efectos nocivos durante el periodo de estudio.